在女性性功能问题的诊断上，复杂度极高，医师必须先从患者的自述，或是加入另一半的说法后，进一步进行监别诊断，并提供适切的治疗。
评估女性与伴侣之间的关系是很重要的一环，包括两性的差别待遇与冲突。曾有男性感染菜花被老婆发现偷吃，男人认为这是小事，但老婆却无法忍受，两人的冲突没有解除，性关系不可能好转，最后还是借助宗教的力量，才修补两人的关系。
也要先厘清患者是否有心理或是精神疾病，例如忧郁症；或是因曾有不好的性经验，而对性产生负面的看法，或是出现性压抑，甚至有时得考虑寻求催眠治疗，找出更深层的原因。
除了疾病因素外，女性性功能的治疗着重于行为治疗，让焦点集中在对方身上，而非自身的表现，性过程中不妨多沟通，让对方了解自己的反应与感受，且可加入幻想治疗，让患者学习性幻想，或是自慰训练。如果感到婚姻倦怠，可以尝试角色扮演，增加新鲜感；平常则要多一点身体上的接触，只要两性关系好，性的满意度自然会提高。
在性功能问题上，性欲低落不但最常见，且预后最差；相对地，性交疼痛的预后较佳。
一成的女性会出现疼痛障碍。疼痛障碍的类型很多元，有些女性在阴茎未进到阴道前就因害怕而痉挛，有的则是阴茎才刚置入就感到疼痛，有的则是进去后才疼痛，也有的是置入最深处后感到疼痛。
性交疼痛的原因很多，可能是润滑不足、阴道发炎或是骨盆腔发炎。有性交疼痛困扰的女性，必须先了解疼痛发生的时间点，再检查是否有发炎或是沾黏的情形，评估药物、手术或是行为治疗的必要性，如果疼痛只是偶一为之，并无大碍。