阴茎异常比较多见，以先天畸形为主，现简述如下：
(1)包茎
正常男子的阴茎皮肤较薄，近阴茎头部的皮肤向内反折成双层，覆于阴茎上，称为包皮。若包皮口狭小，紧包阴茎头不能将包皮向上翻转而显露阴茎头时称为包茎。小儿出生时包皮与阴茎头之间存在粘连称为先天性包茎。还有一种后天性包茎是继发于阴茎头包皮炎，包皮口形成瘢痕性挛缩所致。
(2)隐匿阴茎
是指耻骨部脂肪过多，而附着于阴茎体的阴茎皮肤不足，以致阴茎隐匿于耻骨部的皮肤中。本病可能同时合并阴茎头型尿道上裂，此时隔着阴茎皮肤可触及阴茎背侧的尿道沟。
(3)阴茎阴囊转位
又称阴茎前阴囊。是阴囊长到了阴茎前面，因并发其他严重畸形多不能存活，故临床罕见。完全性阴囊转位不多见，部分阴茎阴囊转位者常伴发尿道下裂。
(4)阴茎扭转
从阴茎的解剖结构可知，阴茎由背侧的两个阴茎海绵体和腹侧正中的一个尿道海绵体组成，在发育过程中，若阴茎海绵体发育不对称时，就发生了阴茎扭转，其扭转的程度由阴茎海绵体发育不平衡程度决定。
(5)蹼状阴茎
即从阴囊有一条薄的皮肤延续到阴茎腹侧， 出现阴茎阴囊融合的情况。
(6)重复阴茎
包括分叉形阴茎，完全重复阴茎及另有一异位阴茎三种情况，以分叉形阴茎发生率为高。重复阴茎可仅限于阴茎头或包括全阴茎体。
(7)无阴茎
患者天生未长阴茎，尿道开在会阴、肛门附近甚至直肠内。本病十分罕见，约200万个新生男孩中有一例。
(8)大阴茎
顾名思义，与同年龄的人比较阴茎过大，称大阴茎。一般来说，正常成人阴茎7～10厘米，勃起时可增大一倍。本病多发生于青春期早熟，先天性痴呆，侏儒症，垂体功能亢进及肾上腺功能亢进者。
(9)小阴茎
正常男性新生儿阴茎长度平均为3.5～7厘米，而小阴茎多不足1厘米，进入青春期，男性小阴茎呈儿童型。
(10)先天性阴茎弯曲
是由于位于阴茎腹侧的尿道海绵体变短，使阴茎弯向腹侧。正常的阴茎是不应该弯曲的，常见的弯曲主要是向左、向右、向下，原因是：①先天性包皮系带过短形成向下弯曲；②包皮切除手术时，不均衡形成弯曲；③阴茎外伤性疤痕形成弯曲；④尿道畸型下裂形成弯曲；⑤长期手淫造成两侧筋膜受损程度不同形成向左、向右弯曲；⑥海绵体硬结形成弯曲；⑦其他原因。属第一、第四种情况可进行手术治疗纠正，属于第五、第六种可使用“电磁波药物渗透性功能治疗器”进行治疗，属于第二、第三种情况可涂软化皮质药膏配合按摩治疗。
阴茎的异常临床相对较少见，但因其异常出现时多伴有泌尿生殖系统其他器官异常。故应引起重视，早日求医，尽早矫治。
许多人生活在暗淡的心理阴影之中，只因为他们的性器官发育不健全或不正常，他们也不懂得通过外科矫形手术，可以使他们的生殖器功能得到恢复的潜在可能。由于生殖器官重建新技术的不断进步，先前不可能实施的手术，现在已相当普遍地开展。
{$split$}
凡遇到下列问题时，都可以考虑生殖器重建手术：
生殖器异常：两性畸形、先天性尿道过短，尿道上裂、尿道下裂、无尿道下裂的痛性阴茎勃起。
退行性疾患：阴茎硬结症和阳痿。
创伤：烧伤、自残时割伤阴茎和睾丸、事故时损伤阴茎、瘢痕形成、包皮环切术后遗症、硅胶注射后遗症、动物咬伤。
肿瘤：良性或恶性肿瘤、白塞氏病、鳞状上皮癌、原位癌。
整容性要求：由于心理性忧虑使患者推断性乐趣的减少或消失是身体某个部位不正常或曰体像感所致心理危机，需要手术帮助。如过去尿道下裂手术后遗留下瘢痕、色素沉着、阴毛分布异常等不尽如人意的状况，所以在青春期发育后，许多男子会提出为生殖器整容的要求，使它看上去更“正常”一些，这时已不仅仅是为了解决蹲位排尿的问题了。有些男子要求将阴囊缩短，因为睾丸吊得太长；也有的人因为包皮环切术后，龟头过分敏感而要求恢复原状。女性可能要求对乳房进行增大、减小、修饰不对称等手术。她们还会要求对阴唇进行整形，嫌它太长，与众不同。还有的妇女要求进行阴道整形，以减少产后的松弛程度。
这些手术并非不能实施，但首要的是要解决好病人的心理问题，不然他们总不会满意的。
尿道下裂
性器官的先天性异常是经常可以遇到的，例如，每125～350名新生男婴中，就有１例尿道下裂。而尿道上裂等的发生率则低得多。
尿道下裂是一种常染色体显性遗传，如在妊娠期服用孕激素可增加尿道下裂的发生率，而且在尿道下裂的位置与服药时胎儿的胎龄有着严格的相关关系。尿道下裂常合并腹股沟斜疝及隐睾，小儿如有尿道下裂及隐睾，而且在腹股沟处也触摸不到隐睾时，须检查染色体核型以确定性别。
在胚胎发育过程中，尿道沟应从近端向远侧逐渐闭合，但如果受激素等因素的影响尿道沟未闭合而形成尿道下裂、该部分的海绵体将变成纤维带，并且牵扯阴茎头引起不同程度的阴茎下弯。患者因不能站立排尿，将产生严重的性心理障碍，一岁左右小儿阴茎发育的大小与５－６岁的小儿相近，且幼儿手术反应较轻，由于手术能解除家庭及小儿的精神压力，故以一岁后手术为宜，至迟也不迟于入学前或入幼儿园之前。但是国内有些地区医疗条件较差，有些人对孩子的性器官发育置之不理，所以有的尿道下裂患者直到成年，仍未接受手术治疗，他们为自己不能站立排尿而感到莫大痛苦，认为是丧失了男子汉的尊严。也有的男子直到结婚后，发现因阴茎严重弯曲而无法性交，才前来求治。这时除手术治疗外，还强调对患者进行心理治疗，以解除长时间来的心理压力，恢复患者的自信心，排除对术后功能状况的焦虑。这样才能在手术治疗后，尽快恢复功能。
如果小儿阴茎发育差，可于术前用１～２疗程的绒毛膜促性腺激素治疗。手术治疗分矫正阴茎弯曲畸形和修复尿道缺损部分两个步骤，尿道成形术多在阴茎弯曲矫正术后６个月至１年后进行。
其他手术无非是尽可能保全患者的生殖功能和性功能，具体治疗方法可见各个有关疾患的说明