当精液异常的时候，应该考虑有没有一些相关的疾病，这对于确立诊断是非常重要的，这也是提高治疗效果的唯一途径。常见的导致精液异常的疾病因素有以下几点：
1.性传播性疾病引起精液异常
在整个人群中，患有性传播性疾病与未患此病者的无精子症发生率相似，但是前者精液分析异常发生率显著较高。性传播性疾病似乎不影响精子密度，说明不会引起输精管道狭窄或堵塞。性传播性疾病者一般表现在精子活动率下降，这与附性腺功能的紊乱特别是与附睾炎有关。不可忽视的是，解脲支原体、沙眼衣原体感染在临床上也是很常见的，而且这些感染并没有显著的症状，更有一定的隐蔽性。
2.腮腺炎
青春期前后发生腮腺炎，并不会引起无精子症的发生率增加，但是伴有较高的异常精液的可能性。青春期后发病者精子密度明显低于未发病者或青春期前发病者。腮腺炎病人中仅有4.4%合并有睾丸炎。青春期前患病者很少合并睾丸炎，但是青春期后患病则可以发生。睾丸炎显著影响精子质量，增加无精子症的发病率，特别是双侧睾丸炎。无论是单侧或双侧睾丸炎，精液分析异常者增加。总之，腮腺炎特别是合并睾丸炎时，对生育会产生不良的影响。
3.睾丸本身的问题
睾丸下降不良也是很常见的因素，具有这种病史的人无精子症发生率显著升高，并且双侧睾丸下降不良者的无精子症发生率比单侧的高两倍。这类患者即使有精子，精液质量也异常，尤其是少精症显著升高。
睾丸损伤往往影响其正常功能，虽然许多男性在生活中发生过一定程度的睾丸损伤，但是这里仅记录了那些伴有阴囊血肿或血尿，说明有睾丸或生殖尿道损伤的不育患者的情况。这类病人的无精子症或精液异发生率显著增加。睾丸损伤常伴有尿道症状(16.8%)，而无损伤者则仅有8.8%出现这种症状，两者有显著差异。而且前者的附性腺感染率也较高。睾丸扭转尽管发病率不高，一旦发病常常并发无精子症和少精症。
附睾或睾丸炎也是常见的疾病，这类病人的精子密度和活动率显著低于无这种病史的人，睾丸体积较小。尿道症状可能有免疫因素，附性腺炎症的发生率也较高。
4.泌尿系统疾病
如果排尿困难、尿频、血尿等症状，应该排除精囊炎、前列腺炎等可能。这些病人有较高的无精子症的倾向，更常见精液质量异常，特别是精子形态和活动率较低。有泌尿系统症状的患者中，27%前列腺液化验异常，或者精液细菌学、细菌学或生化学检查异常，应该进一步检查确诊。
5.其他疾病
支气管炎也可能导致精液异常，支气管炎常常是延及全身的纤毛功能紊乱的临床表现。这类病人中，无精子症发生率显著增高。所有这种病人的睾丸容积正常，说明无精子症是由于输精管道堵塞引起的。支气管炎患者的精液分析异常率增高，精子平均密度和向前运动的精子比例较低。糖尿病也是常见的，糖尿病与射精功能障碍相关，并不引起无精子症或者精子质量异常，所以，糖尿病对生育的影响是通过性功能紊乱而造成的。具有神经系统病史的患者常常表现为射精障碍，但无精子症和精液质量异常的发生率并无增加。