不是所有发生在生殖器的“肉粒”都是尖锐湿疣，还有许多疾病可有类似的表现，需要注意鉴别。常见的如：
（1）二期梅毒的扁平湿疣：这是二期梅毒特征性的损害，传染性极强。主要表现为扁平状隆起、无蒂、湿润而光滑，好发生在会阴、肛门周围等皱褶处。这些病人的梅毒血清反应常呈强阳性，局部可检查到梅毒螺旋体。
（2）鲍温样丘疹病：该病亦与ＨＰＶ感染有关，在男女生殖器部位皮肤黏膜上出现棕褐色或黑褐色扁平小丘疹，边界较清楚，发展缓慢。
（3）阴茎珍珠状丘疹：发生于男性，多见于龟头后缘冠状沟处，表现为黄白色、肤色或淡红色针尖或针头大小的丘疹或“小肉粒”，个别可呈丝状，排列成一圈，类似一串珍珠，故名。一般无明显感觉，短期内亦无明显的变化，不影响生殖器的功能，亦无特殊危害。在无性活动的青年男性亦可见到，无需治疗。
（4）皮脂腺异位症：常发生于口腔、阴茎龟头或大小阴唇，主要是局部皮脂腺发育过程中的生理变异，青春期较明显。表现为局部淡黄色或黄色小丘疹，稀疏分布，边界清楚，发展缓慢，无明显感觉，无需特殊治疗。
（5）皮脂腺囊肿：有时皮脂腺囊肿位置较浅时，亦稍有突起。但皮脂腺囊肿边界清楚，表面平滑，触之有囊性感，无继发感染时常无明显感觉，多单一，少数多发，多见于阴囊。