大千世界，万物和自然，都讲究一个生态平衡。阴道当然也不例外。阴道经上端与子宫、输卵管相连直通腹腔，下端则与外界直接相通；它的开口处前方是尿道口，后方是肛门，很容易遭受污染。其中，既有常驻的各种微生物（包括细菌、病毒和支原体等），又可因性接触，而临时带入多种病原体。
过去，有人对280名孕妇进行研究，从阴道内共查出19种（属）微生物，如棒状杆菌、乳酸杆菌、表皮葡萄球菌等常驻菌，甚至还有被认为是致病性强的大肠杆菌或金黄色葡萄球菌等（由于检验技术的进步，现今发现的更多）。但是，为什么有些不太讲究个人卫生的妇女不发病，而那些十分讲究个人卫生的妇女，有时却会发生严重的外阴、阴道或盆腔炎症，而且还久治不愈呢？这就和生态平衡与否有关了。
原来，妇女的生殖器官，在解刮和生理上都有其独特的防御结构和功能。妇女外阴两侧的小阴唇经常合拢关闭，阴道前后壁又紧贴在一起，形成了自然的防御屏障，更重要的是阴道上皮细胞，在雌激素影响下，能够发生周期性变化并脱落，由于含有不同程度的糖原，在阴道杆菌的作用下，将糖原转化成乳酸，使阴道酸碱度保持在ＰＨ４～４．５之间，这样，适应在碱性环境中生存的微生物，便不能在此生长繁殖。这种自然产生的防御功能，也叫做“自净作用”。
生态平衡时，阴道内的菌群是有一定组合结构的。例如：有多少种（属）的微生物，它们的比例各占多少，生存在阴道的哪一部位等，都受着生态因素的严密控制。通过这种控制，不仅常驻的正常菌群不外流，而且也使外来的微生物难于定居下去。